11 avril 2011 : Nantes, boulevard Schuman, domicile de la famille Dupont de Ligonnès. Depuis plusieurs jours, les volets de cette petite maison bourgeoise sont clos, personne n'a passé le pas de la porte. Les enfants ne se sont pas présentés à l'école, les téléphones de la famille sonnent dans le vide et le courrier continue à s'entasser dans la boîte aux lettres. Les voisins et les proches de la famille Dupont de Ligonnès s'inquiètent. Où sont passés Agnès, Xavier et leurs quatre enfants âgés de 13 à 20 ans ?
21 avril 2011 : les enquêteurs découvrent, lors d'une perquisition sous la terrasse de la maison, cinq corps ensevelis, ceux de la mère et de ses quatre enfants. Seul corps manquant, celui du père, Xavier Dupont de Ligonnès.
Se posent alors deux questions : a-t-il été enterré ailleurs ou est-il l'auteur de ce massacre ? Pas à pas son itinéraire est retracé, mais très vite la piste du fugitif s'arrête. Son dernier signe de vie remonterait au 15 avril 2011 alors qu'il passait la nuit dans un hôtel du Var. Depuis, aucune trace de Xavier Dupont de Ligonnès. Un avis de recherche international est lancé. S'est-il suicidé ? Est-il aidé d'un complice ? Se cache-t-il à l'étranger ?
« Xavier Dupont de Ligonnès : dans la tête du suspect » ne cherche pas à donner une version complète de l'affaire, mais porte un regard, un point de vue sur une affaire criminelle qui a marqué les Français.
A l'issue de la diffusion de ce docu-fiction, Nathalie Renoux recevra certains témoins de l'histoire ainsi que des spécialistes qui ont travaillé sur l'affaire afin d'examiner les zones d'ombres qui planent encore sur ce dossier.